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南部祁连山生态区位于黑河干流莺落峡以上的祁连山区，包括青海省祁连县大部和甘肃省肃南部分地区。祁连山走向北西，延绵起伏近千千米，地势高亢，平均海拔高度在3000 m以上，大部分地区有多年冻土分布。受青藏高原气候和蒙新荒漠气候的双重影响，气候寒湿，降水量随高程增高而增大，水资源较为丰富，使祁连山北麓成为石羊河、黑河、疏勒河的发源地，为河西走廊提供了必不可少的水资源。
1.植被特征
景观类型：位于青藏高原北缘，区内，基岩裸露的山脊、雪山、冰川、草原、森林、河流及农田等景观要素，各自构成不同特征的非线性斑块。裸露基岩斑块，沿山脉走向，呈数条带状北西向展布，延绵数百千米；雪山、冰川以不规则块状镶嵌在裸露基岩斑块之中；高山草甸斑块，带状展布于裸露基岩斑块两侧的平缓坡地、沟谷及河谷中；高山灌木草原和干草原斑块成条带状，分布在靠河西走廊一侧的中山区；云杉林带呈块状镶嵌在高山灌木草原之中。景观分带性明显。
群落类型：祁连山区分布着草原和森林两大植被群落，草原群落可分为高山草甸草原、高山灌丛草原、干草原；森林为云杉林和灌丛林。高山草甸以藏嵩草、高山嵩草和矮嵩草为主要建群种，伴生有火绒草、苔草等。高山灌丛草原以山生柳、箭叶锦鸡儿、金露梅等为主要建群种，灌丛下植物较为复杂，有矮嵩草、火绒草、苔草等。森林主要建群种为青海云杉，个别地方还有祁连圆柏，林下分布有山生柳、黄、栒子等灌木。2.植被分区
植被群落分布受海拔高程和降水量等因素控制，垂向分带明显，可分为6个亚区。
ⅠA亚区：为雪山、冰川带，位于海拔4800m以上的高山，降水量在500mm以上，为多年冻土分布区，终年为冰雪覆盖，无植被，生态条件极恶劣。
ⅠB亚区：为高寒高山荒漠带，位于海拔4500m以上的山脊地带，基岩裸露，物理风化作用强烈，多碎石组成的倒石堆，表层为寒漠土，植被类型以垫状植物为主，有点地梅、水母雪莲、蚤缀、红景天等，群落盖度小于15%，生态条件极恶劣。
ⅠC亚区：为高寒草甸带，位于海拔3300m～4000m的沟谷及缓坡，降雨量400～500mm，在沟谷低洼地带多为高寒沼泽草甸，地下水埋深0.5～2.0m，属多年冻土季节融化带，表层为高山草甸土，植被类型为藏嵩草、高山嵩草、苔草、拂子茅，群落盖度为70%～90%，生态条件良好。
ⅠD亚区：为高山灌丛草原带，位于海拔3200～3800m的山区，降雨量330～500mm。地下水埋深大于100m，富水性小于100m/d3，包气带岩性为季节冻土，水化学类型为HCO3型，矿化度小于1.0g/L，表层为亚高山草甸土，灌木类型为高山柳、金露梅、箭叶锦鸡儿，灌丛下草类主要是苔草、嵩草等，生态状态良好。
ⅠE亚区：为云杉林带，位于海拔2500～3300m，降雨量250～350mm。地下水埋深大于100m，富水性小于100m/d3，水化学类型为HCO3型，矿化度小于1.0g/L，表层为灰褐土，阴坡植被类型为青海云杉，林下有黄、栒子等灌木，阳坡有祁连圆柏，生态状态良好。
ⅠG亚区：为干草原带，海拔2300～2800m，降雨量200～300mm。地下水埋深大于100m，富水性小于100m/d3，表层多位栗钙土，植被类型为紫花针茅、岌岌，羊草、律律蒿等，覆盖率多在50%～70%，生态条件较好。见表9-8。
表9-8 黑河流域生态地质分区表
3.植被的水源养涵功能
祁连山区植被覆盖条件良好，分布在黑河河谷、支流和缓坡上的高寒草甸，覆盖度高，具有良好的水源养涵功能。发育在坡地上的林地、灌丛草原及干草原具有减缓片流流速、增加降水渗入、延长径流历时过程、削减洪峰的作用。其中盖度高、分布面积最广的高寒草甸生态系统和云杉林生态系统水源养涵能力最好。黑河上游地区，森林被覆率65%的流域比森林被覆率32%的流域枯水期径流量增加28.87mm，洪水期径流减少98.90mm，并使单次降水（26.6mm）形成的洪峰滞后2.5h；森林植被自始至终对径流过程产生影响，并且森林植被不会减少河川径流总量（王金叶等，1998）。祁连山区植被生态系统良好，在保证黑河水系的水量稳定方面，起到了不可或缺的作用。
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