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植物体内普遍存在着内生菌，由于其生活在没有外在感染症状的健康植物组织内部，因此植物内生菌的存在和作用长期以来未被发现。直到20世纪30年代，由于牲畜食了感染内生真菌的牧草，给畜牧业造成重大损失，才开始对植物内生菌有了初步认识。
内生菌一词“endophyte”最早是由德国科学家DeBarry于1886年提出。.....
1986年，Carrol将植物内生菌定义为生活在地上部分、活的植物组织内不引起明显症状的微生物。
1991年，Petrini提出植物内生菌是指生活史的一定阶段生活在活体植物组织内不引起植物明显病害的微生物。
1992年，K1eopper等认为植物内生菌是指能够定殖在植物细胞间隙或细胞内，并与寄主植物建立和谐联合关系的一类微生物，并首次提出了“植物理内生细菌”的概念，他认为能在植物体内定殖的致病菌和菌根菌不属于内生菌。
植物内生木霉
内生菌是指在其生活史的一定阶段或全部阶段生活于健康植物的各种组织和器官的细胞间隙或细胞内的细菌，可通过组织学方法或从严格表面消毒的植物组织中分离或从植物组织内直接产生扩增出微生物DNA的方法来证明其内生。
内生菌(Plant endophyte)是指在其生活史的一定阶段或全部阶段生活于健康植物的各种组织和器官的细胞间隙或细胞内，不引起植物组织明显症状改变的微生物，这些微生物有细菌、真菌、放线菌等。可通过组织学方法或从严格表面消毒的植物组织中分离或从植物组织内直接产生扩增出微生物DNA的方法来证明其内生。 在植物组织培养中，由于材料内部的内生细菌不能被一般的表面消毒方法所清除，随着材料带入培养过程，从而引起组培中的污染，称为内生细菌污染。 从污染状态来看，是发生于植物材料周围，一般会由培养基内向外延展，并且发生的时间也会比接触性污染要长，接触性的细菌一般在2－4天表现，内生菌则会超过4天，并且菌的种类也相对单一。 内生菌不仅包括互惠共利的和中性的内共生微生物，也包括那些潜伏在宿主体内的病原微生物，这些微生物有细菌、真菌、放线菌等。自1898年Vogl从黑麦草种子内分离出第一株内生真菌以来，植物内生菌作为一种新的微生物资源受到了广泛的关注，从内生菌中寻找和发现新的活性化合物已成为国内外研究的又一热点。近年来，该领域的研究已取得一定进展，发现了一些有医用、农用价值的菌株和化合物。
什么是植物内生菌
植物内生真菌是指生活在活的植物组织内并不引起明显病害症状的一类真菌。在长期的演化过程中植物内生真菌和寄主形成互惠共生关系，一方面，内生真菌可以从寄主中吸收营养物质（包括光合产物和矿物质）供自己生长；另一方面，内生真菌在植物生长发育和系统演化过程中起重要的作用，其代谢物能刺激植物生长发育，提高植物对病虫害的抵抗力。
内生真菌的存在可以提高宿主植物对干旱（Elmi et al.，1995；Zhang et al.，2007；李飞，2007；宋梅玲等，2010）、高温（Marks et al.，1996）、重金属污染（Malinowski et al.，1997）、二氧化碳倍增（Leuchtmann et al.，1994）、盐碱（Zabalgogeazcoa et al.，2006；任安芝等，2006；缑小媛，2007）、抗寒性（陈娜，2008）等非生物胁迫的抗性，其中，以内生真菌增强植物抗旱性方面的报道最多。
随着对植物内生真菌研究的深入，木霉属真菌也作为一种重要的植物内生真菌受到研究人员的广泛关注。Evans等（2003）和Bailey等（2006）采用刚发芽的可可（Theobroma cacao）种子作为接种材料，成功地验证木霉的内生性。接种12 周后，在幼苗的根、主茎和枝条部位能再分离获得木霉，但在叶片中没有分离到。在内生木霉接种后，可可树苗的基因表达发生明显的变化，但不同的木霉接种后的互作结果不同，表现出种的特异性。可可生木霉T.theobromicola接种生长8周的可可幼苗后，从所接种的植株的茎部均可分离到木霉，但在叶片中也没分离到。袁志林等（2008）从南方红豆杉中分离到的一种内生真菌 T.chlorosporum菌株，并证实其为中国植物内生木霉的新记录种。王国平等（2009）将紫杉木霉T.taxi菌与水稻纹枯病菌对峙培养。结果发现，该内生真菌通过菌丝缠绕附着等重寄生方式，导致纹枯病菌菌丝断裂或其内含物降解直至死亡。其产生的活性代谢产物也能强烈抑制纹枯病菌菌丝的生长，显著降低病原菌的菌核萌发率。何明静等（2010）从四川省雅安地区筛选到一株对油菜菌核病菌具有较强拮抗作用的植物内生真菌，经鉴定该真菌为绿色木霉（T.viride）。研究发现，该绿色木霉菌种能够很好地在油菜根际和体内定殖，并对油菜种子的出苗率和植株生长都有显著的促进作用。武汉琴等（2009）从健康茶树叶片组织中分离到多株植物内生真菌，其中一株经鉴定为长枝木霉T.longibrachiatum。用该木霉回接茶苗，接种后一个月可以从茶苗的茎和叶组织中再分离获得该真菌。通过石蜡切片和苯胺蓝染色，在已接种的茶树组培苗的叶片内部组织中可观察到木霉的存在（图2.1）。何玉华（2007）研究了一株植物内生的绿色木霉HCCB1621的抗菌和抗肿瘤活性，从其代谢产物中分离到5种化合物，它们对细菌和肿瘤都表现出不同程度的抑制作用。夏晓敏（2009）从香蕉根系中分离到4种内生木霉，经鉴定分别为棘孢木霉（T.asperellum）、短密木霉（T.brevicompactum）、绿木霉（T.virens）、黄绿木霉（T.aureoviride）。
植物内生菌是指那些在其生活史的一定阶段或全部阶段生活于健康植物的各种组织和器官内部的微生物，被感染的宿主植物不表现出外在病症，可通过组织学方法或从严格表面消毒的植物组织中分离或从植物组织内直接扩增出微生物DNA的方法来证明其内生。它不仅包括互惠共利的和中性的内共生微生物，也包括那些潜伏在宿主体内的病原微生物，这些微生物有细菌、真菌、放线菌等。自1898年Vogl从黑麦草种子内分离出第一株内生真菌以来，植物内生菌作为一种新的微生物资源受到了广泛的关注，从内生菌中寻找和发现新的活性化合物已成为国内外研究的又一热点。近年来，该领域的研究已取得一定进展，发现了一些有医用、农用价值的菌株和化合物。
1. 内生真菌
从牧草中分离得到的内生真菌香柱菌，所产生的波胺碱和黑麦草碱类物质对昆虫具有杀伤作用，对牲畜等脊椎动物无毒。Strobel等从雷公藤的茎中分离得到一株内生真菌，能产生一种肽类抗生素Cryptocandin，它能抑制灰葡萄孢）等一些植物病原真菌，分离自同一内生真菌的一种新酰胺生物碱cryptocin对稻瘟病菌（及其他多种植物病原真菌有强的抑杀作用。纪丽莲等人从黄海海岸低盐药用植物芦竹中分离得到一株木霉属的内生真菌，它对黄瓜灰霉病菌有较强的抑菌活性。
2. 内生细菌
从辣椒中分离出的一株内生枯草芽孢杆菌，该菌株分泌的抗菌多肽对热稳定，在中性PH范围较稳定，并抗紫外线照射，对植物炭疽病菌和番茄青枯病菌等多种植物病原真菌和细菌有强的抑制作用。
3. 内生放线菌
链霉菌属于放线菌，它占具有生物活性的植物内生放线菌的绝大部分。澳大利亚Coombs研究小组从小麦根部分离的60多株放线菌中筛选到防治小麦全蚀病的菌株，在温室试验中可使小麦全蚀病的危害降低70%。Strobel等在蛇藤中分离到一株新的链霉菌，它能产生4种新的广谱抗生素Munumbicins A、B、C和D，这些抗生素对多种人体和植物致病霉菌、细菌及疟原虫具有广泛的抑杀活性。最近，Strobel等又从一种有叶蕨类植物中分离到一株新内生链霉菌，它能产生一种被称为kakadumycins的新型抗菌素，对炭疽芽孢杆菌和疟原虫均具有抑杀活性，其生物活性比棘霉素强。从卫矛科植物分离的内生链霉菌产生的新chloropyrrol抗生素对多种耐药性细菌和分枝杆菌有抑制活性。从杜鹃花植物中分离的链霉菌产生新的抗真菌物质fistupyrone，对植物病原真菌甘蓝黑斑交链格孢有抑制作用。李萌等从油菜和芹菜的茎和叶中分离得到215株内生菌，18株对蔬菜立枯丝核菌、直啄镰刀菌、苹果黑腐皮壳有很好的拮抗作用，其中有8株为放线菌；从油菜茎中分离出的内生放线菌CHSH19A经鉴定为一株链霉菌Streptomyces sp．，活性筛选结果证明其具有极强的抗立枯丝核菌活性。
植物内生菌是一类次生代谢产物丰富、应用前景广阔的资源微生物。近年来，植物内生菌由于能够产生丰富多样的具有农药活性的次生代谢产物，在自然界中具有重要的生态学作用，引起了人们广泛的关注并取得很大进展。从微生物中寻找发现新型先导化合物，是新农药研制的重要途径。内生菌作为微生物中的重要类群，其物种丰富，数量庞大，这为新农药的研究和开发提供了巨大的资源库。最近一个全面的研究显示，51%的从植物内生菌分离的生物活性物质是以前没有发现的化合物，而从土壤微生物发现的新物质仅为38%。由此可见，研究植物内生菌，寻找具有农药活性的次生代谢产物，是研发新型无公害农药的重要途径，前景十分广阔。
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