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1958年，根据国务院关于加强利用野生经济植物资源的指示和中国科学院关于大力发展全国植物园网点的精神，开始筹建西安植物园。经多次在西安地区调查，最终将园址选定在大雁塔以南，面积为20hm2。确定园址考虑的重要因素是地势北高南低，适宜植物配置与造景，再者，该处多为多年坟地，且为旱地，对农业耕作影响不大。在选址的同时，先后派出50余名同志在秦岭，历经10天时间，移植野生有用苗木1万余株。
1959年，经报请中国科学院、陕西省人民政府、西安市人民政府同意，正式建立西安植物园。西安植物园是建国后全国首批建立的八个植物园之一，也是当时国家在西北地区建设的唯一的植物园。
1963年4月，在园内召开了有西北农学院、果树研究所、陕西师大、西北设计院、西安市园林处和西安城建局等单位的专家、负责同志参加的规划会议，对我园的规划进行了专题讨论，肯定了我园的园景规模为720亩，由西安市设计院承担设计，拿出初步方案。
1964年，经中国科学院批准，西安植物园成为独立的研究机构，单位名称为“中国科学院西安植物园”。研究队伍进行了相应调整，将原设的分类、生态、资源植物、温室和种苗室整合为三个组，分别是植物区系组、经济植物组和规划建园组。
1970年，根据中央精神，一些原属中央各部委领导的机关、单位逐批下放地方管理。西安植物园由中国科学院下放归陕西省科技局(省科委)领导，单位名称仍沿用“中国科学院西安植物园”。中国科学院保留供物关系至1978年。园下设药用植物、油用植物、抗污染植物、芳香植物、植物化学等五个研究组和综合组。
1978年，陕西省委批准陕西省科学院成立，并做出决定：从1978年10月起，将原属省科委领导的西安植物园归属陕西省科学院领导。
1979年，陕西省科学院通知：“自1979年10月1日起，中国科学院西安植物园更名为陕西省西安植物园”。
全国科学大会以后，为了加强研究工作，西安植物园将原有的研究组组建为三个研究室：经济植物、园林花卉、植物化学研究室。有关园林建设工作由研究项目组负责开展，重点研究项目有水飞蓟、西洋参、漆树、扁桃、毛竹、丹参和桔梗等。
1979年，先后五次派人员去秦岭和巴山，历时50多天，组织采挖种苗5000余株，收集标本900多份，制作蜡叶标本500多份，全年共完成引种500多种，是历年来引种最多的一年。
1980年，在省政府的关心支持下，《西安植物园园林建设与植物配置的综合研究》列入陕西省科技发展计划。园内所有研究技术人员划分为三片十一组，集中精力开展园林建设工作。
1984年9月，我园引种的王莲开花，借此机会，西安植物园正式对外开放。当年来园参观人数达到62560人。
1987年，西安植物园调整了机构设置，撤销了人事保卫科，成立园主任办公室、保卫科，原办公室改为行政科。
1988年，建设了面积为7200平方米的园中园-翠华园。
1993年，在省政府有关领导的大力支持下，我园举办了首届西安郁金香花会。花会吸引了数十万游人来园观赏，中央电视台也做了新闻报道。为迎接花会的召开，省政府拨专款修建了我园大门。
1995年以后，我园对建园工作提出了“稳定、改造、充实、提高”的指导思想和“小而精”的建园方针，成立了建园领导小组，实行了经济责任承包制，调动了建园室全体人员工作积极性。
近年来，先后装修了试验办公大楼，添置了仪器设备，使研究、办公条件大大改善。对广场、道路进行了维修改造，现正在建设职工住宅楼。
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